Proces oczyszczania ścieków z miasta odbywa się w Gminnej Oczyszczalni Ścieków położonej w Chwałkowie. Poprzez sieć kanalizacji sanitarnej, grawitacyjnej jak również poprzez system przepompowni lokalnych ścieki przepływają do Głównej Przepompowni skąd tłoczone są na oczyszczalnię.
Powstała na przełomie lat '80-tych i '90-tych, tworząc wraz z oczyszczalnią
w Chwałkowie tzw. oczyszczalnię tymczasową dla ścieków ZPOW "HORTEX"
i ścieków bytowo-gospodarczych pochodzących z terenu miasta. Obecnie główna przepompownia jest po modernizacji. Wydajność przepompowni ścieków wynosi 600 m3/h.
Głównym powodem modernizacji i rozbudowy Gminnej Oczyszczalni Ścieków
w Środzie Wlkp. była zmniejszająca się efektywność procesu oczyszczania ścieków co skutkowało przekroczeniem wartości wskaźników oczyszczania ujętych w pozwoleniu wodno-prawnym, ważnym do końca 1998 roku. Z tytułu przekroczenia wartości wskaźników oczyszczonych ścieków na zakład nałożono tzw. kary kroczące. Miejskie Przedsiębiorstwo Energetyki Cieplnej Wodociągów i Kanalizacji Sp. z o.o. przygotowało w roku 1998 projekt techniczny modernizacji oczyszczalni ścieków.
Plan realizacji modernizacji oczyszczalni zakładał rozpoczęcie prac w roku 2000 i zakończenie w roku 2005. Zmodernizowaną oczyszczalnię oddano do użytku pod koniec 2003 roku.
Projekt modernizacji wykonały Pracownie Badawczo - Projektowe "EKOSYSTEM" Sp. z o.o. z Zielonej Góry.
| Parametry | W sezonie | Poza sezonem |
| Przepływ średni dobowy | 10 000 m3/d | 7 000 m3/d |
| Maksymalny dobowy przepływ | 14 000 m3/d | 9 800 m3/d |
| Stężenie BZT5 | 650mg/l | 400mg/l |
| Zawiesina ogólna | 400mg/l | 350mg/l |
| Azot ogólny | 60g/l | 60g/l |
| Fosfor | 16g/l | 16g/l |
| RLM | 145000 | 59000 |
| Parametr | Wartość |
| BZT | 15 gO2/m3 |
| ChZT | 150 O2/m3 |
| Zawiesiny ogólne | 50 g/m3 |
| Azot amonowy | 6 NNH4/m3 |
| Azot ogólny | 30 g N/m3 |
| Fosfor ogólny | 1,5 gP/m3 |
Dopływające do oczyszczalni ścieki surowe są wstępnie pozbawione części pływających i wleczonych, ich usuwanie odbywa się w budynku Głównej Przepompowni Ścieków na kratach rzadkich z mechanicznym zgarnianiem skratek o prześwicie 20 mm. Przepłukane i sprasowane skratki są okresowo usuwane i wywożone na składowisko odpadów komunalnych.
Dopływające do oczyszczalni ścieki trafiają do komory rozprężnej gdzie ulegają wymieszaniu i dodatkowemu napowietrzaniu. Następnie ścieki kierowane są do budynku krat gęstych na dwie kraty schodkowe o prześwicie 2 mm lub w przypadku ich awarii na kratę ręczną o prześwicie 50 mm. Zatrzymane skratki przechodząc przez praskę ulegają odwodnieniu do 75% wilgotności i rurociągiem transportowane są do kontenera.
Z budynku krat gęstych ścieki przepływają przez piaskownik poziomy dwukomorowy. Usuwana zgarniaczem pulpa piaskowa jest przepompowywana na separator piasku, tam ulega odwodnieniu i przetransportowaniu przenośnikiem ślimakowym do kontenera. Usunięte skratki i piasek wywożone są na składowisko odpadów. Za piaskownikiem następuje pomiar przepływu ścieków.Komora Defosfatacji - jest to zbiornik radialny o objętości czynnej V=763 m3 , do którego doprowadzane są ścieki mechanicznie oczyszczone oraz osad recyrkulowany z osadnika wtórnego. W komorze, w warunkach beztlenowych następuje proces "uwalniania" fosforu z komórek bakterii fosforowych.
Z komory defosfatacji ścieki kierowane są przez komorę rozdzielczą do komory napowietrzania.
W komorze rozdzielczej, w zależności od potrzeb jest możliwość dodawania koagulantu PIX (sole żelaza) w celu wspomagania procesu usuwania fosforu.
Komora Napowietrzania - to rów cyrkulacyjny o objętości czynnej V=5 000 m3 .Osadnik wtórny radialny o objętości czynnej 2 814 m3, średnicy
32 m. oddziela oczyszczone ścieki z mieszaniny ścieków i osadu czynnego. Sedymentujący na dnie osad jest za pomocą pomp recyrkulowany do komory osadu czynnego, część osadu jako osad nadmierny zostaje skierowana na zagęszczacze grawitacyjne. W tym celu służy pompownia osadu recyrkulowanego i pompownia osadu nadmiernego.
Części pływające w osadniku są usuwane poprzez zgarniacz do koryta zbiorczego skąd rurociągiem tłoczy się je do kanalizacji ścieków technologicznych zawracanych do obiegu.

Pompowany osad nadmierny trafia na dwa zagęszczacze grawitacyjne o pojemności 450 m3 każdy. Osad jest pozbawiany wody nadosadowej oraz uśredniany przez mieszadła prętowe. Zagęszczony osad (% sucha masa osadu wynosi średnio 3,6) jest kierowany przez pompę śrubową do zbiornika magazynowania osadu. Przygotowanie osadu na prasę polega na wymieszaniu w odpowiednich ilościach osadu z urabianym na miejscu mleczkiem wapiennym i dodawanym koagulantem (PIX - 40% FeCl3). Celem zabiegu jest przede wszystkim higienizacja i kondycjonowanie osadu, a także usunięcie fosforu z odcieku.
Komorowa prasa filtracyjna stanowi urządzenie w pełni zautomatyzowane, mogące pracować zarówno w trybie
automatycznym jak i ręcznym.
Parametry komorowej prasy filtracyjnej:
- liczba komór 60 (1,5 x 1,5 m.),
- powierzchnia filtracji 240 m2,
- pojemność prasy 3,6 m3.
W ciągu dnia (I, II zmiana) odwadnia się około 130 m3 ustabilizowanych na zagęszczaczach ścieków. Rezultatem pracy komorowej prasy filtracyjnej jest odwodniony osad - placek filtracyjny
(% sucha masa osadu w zakresie od 25 do 40), który jest wywożony na zakładowe składowisko osadu tzw. magazyn osadu odwodnionego.Odciek z prasy wraz z odciekiem ze składowiska i zagęszczaczy spływa grawitacyjnie do pompowni lokalnej skąd jest zawracany do obiegu.
Przeprowadzone badania osadu wykazały śladowe ilości w osadzie metali ciężkich oraz brak bakterii z rodzaju Salmonella i jaj pasożytniczych.Osad jako nawóz zawiera szereg cennych składników: substancje organiczne (próchniczne) poprawiające jakość gleb, składniki odżywcze - azot, fosfor. Odczyn osadu (pH) oddziałuje pozytywnie na gleby zakwaszone.
Osad spełnia wymogi osadów przeznaczonych do rolniczego wykorzystania.| Wskaźnik | Wartość | Jednostka |
| Azot ogólny | 2,19 | % s.m. |
| Azot amonowy | 0,015 | % s.m. |
| Fosfor ogólny | 1,85 | % s.m. |
| Odczyn pH | 12,44 | - |
| Sucha masa | 33,64 | % |
| Substancje organiczne | 23,68 | % s.m. |
| Wapń | 16,87 | % s.m. |
| Magnez | 0,33 | % s.m. |